Pod farmakoterapijom podrazumeva se uzimanje nekog od lekova namenjenih za ublažavanje ili stabilizaciju tegoba, a koje prepisuje psihijatar. Za ovu vrstu terapije najvažnije je pridržavati se lekarskih uputstava, lekove uzimati u prepisanoj količini i vremenskim intervalima i biti strpljiv u očekivanju njihovih efekata.

Lekovi deluju različitim uticajem na receptore u mozgu. Da bi se, na primer, rezultati uzimanja antidepresiva primetili, potrebno je da prođe i do mesec dana. Za sva pitanja u vezi s korisćenjem leka, njegovim želijenim i neželjenim efektima, najefikasnije je obratiti se lekaru koji je terapiju prepisao. Takodeje važno blagovremeno obavestiti lekara o tome kako lekovi deluju na vas, kako bi mogao da reaguje ukoliko se očekivani rezultati ne pojave u predviđenom roku. Tada će lekar razmotriti promenu količine leka, prepisati drugi ili predložiti neki dodatni vid tretmana. Najcesće se u cilju efikasnosti farmakoterapiji pridružuje psihološki tretman (savetovanje ili psihoterapija).